成績雖斐然，但特色農(nóng)產(chǎn)品產(chǎn)業(yè)畢竟處于行業(yè)發(fā)展期，還存在一些問題亟待解決，如經(jīng)營散、品牌亂、主體弱、規(guī)模小等。經(jīng)營散，指的是特色農(nóng)產(chǎn)品從生產(chǎn)、貯藏、加工、流通到消費(fèi)的整個(gè)產(chǎn)業(yè)鏈的經(jīng)營都是分散的，集中度不高，大的主體少。從農(nóng)戶的分散種植，到農(nóng)產(chǎn)品流通經(jīng)紀(jì)人倒貨，以及眾多中小型企業(yè)參與的加工流通環(huán)節(jié)，都是分散型的。雖然很多特色農(nóng)產(chǎn)品有行業(yè)協(xié)會，但是協(xié)會很多都是各干各的，沒有形成合力。品牌亂，表現(xiàn)在兩方面：一是區(qū)域公用品牌管理比較亂，如鐵棍山藥為焦作溫縣產(chǎn)的懷山藥特有的區(qū)域公用品牌，但是在市場上買的一根鐵棍山藥，卻有可能是山東產(chǎn)的;另一種亂是企業(yè)的自有產(chǎn)品品牌比較亂，由于產(chǎn)業(yè)的主體多，有企業(yè)，有合作社，還有很多流通經(jīng)紀(jì)人，于是每個(gè)主體都給特色農(nóng)產(chǎn)品取一個(gè)品牌名字，而且各說各的品牌故事，造成一個(gè)區(qū)域的特色農(nóng)產(chǎn)品有幾十個(gè)品牌，大多數(shù)品牌的年銷售額都很小，也就幾十萬或幾百萬元，這樣給消費(fèi)者亂的感覺，無法辨別到底哪家的正宗，哪家是真的好。

主體弱，指的是從事特色農(nóng)產(chǎn)品產(chǎn)業(yè)鏈各個(gè)環(huán)節(jié)的大多數(shù)主體處于弱勢地位，對市場不敏感，組織經(jīng)營能力弱，導(dǎo)致效益不好，而且不穩(wěn)定。特色農(nóng)產(chǎn)品也是市場經(jīng)濟(jì)，需要經(jīng)營者有經(jīng)營管理能力，既要懂得農(nóng)業(yè)的規(guī)律，還必須懂得市場經(jīng)濟(jì)條件下如何去經(jīng)營好一個(gè)產(chǎn)業(yè)。然而，很多的特色農(nóng)產(chǎn)品經(jīng)營主體由于外在或內(nèi)在的原因，沒有把特色農(nóng)產(chǎn)品的資源優(yōu)勢轉(zhuǎn)化為產(chǎn)品優(yōu)勢，進(jìn)一步轉(zhuǎn)化為品牌優(yōu)勢。

規(guī)模小，一方面指的是很多特色農(nóng)產(chǎn)品的整體規(guī)模偏小。例如，據(jù)調(diào)研，2013年，地理標(biāo)志農(nóng)產(chǎn)品每個(gè)品種的產(chǎn)值在2億～5億元，而地理標(biāo)志農(nóng)產(chǎn)品基本都是特色農(nóng)產(chǎn)品中的佼佼者，屬于當(dāng)?shù)乇容^好的特色農(nóng)產(chǎn)品，更多的沒有申請成地理標(biāo)志的特色農(nóng)產(chǎn)品產(chǎn)值就更低了。另一方面單個(gè)的主體規(guī)模小，特色農(nóng)產(chǎn)品的標(biāo)準(zhǔn)化基地建設(shè)投資大、周期長、回報(bào)率低、現(xiàn)金流動性差，需要不停地投入，所以，大多數(shù)從事特色農(nóng)產(chǎn)品的企業(yè)或者合作社自己建的基地規(guī)模都不大，基本按照“公司+農(nóng)戶”的模式進(jìn)行生產(chǎn)。